FDA發(fā)布傳染病二代測(cè)序診斷器械注冊(cè)審查指南草案

基因測(cè)序領(lǐng)域在備受青睞的同時(shí)，也面臨著獲得上市審批的巨大挑戰(zhàn)。截至到目前，除了一些一類(lèi)通用試劑和測(cè)序設(shè)備外，僅有應(yīng)用于產(chǎn)前篩查的基因二代測(cè)序試劑已獲得國(guó)家食品藥品監(jiān)督管理總局的批準(zhǔn)，至于應(yīng)用于其他領(lǐng)域的二代測(cè)序試劑，有些商家正為此積極準(zhǔn)備，包括產(chǎn)品的注冊(cè)檢測(cè)和臨床試驗(yàn)等。

 

　　由于此項(xiàng)技術(shù)在世界范圍內(nèi)還沒(méi)有被廣泛地應(yīng)用于臨床診斷，因此，在注冊(cè)準(zhǔn)備過(guò)程中，缺乏必要的信息作為參考。

 

　　FDA發(fā)布傳染病二代測(cè)序診斷器械注冊(cè)審查指南草案

 

　　2016年5月13日，美國(guó)FDA在其官網(wǎng)上發(fā)布《基于二代基因測(cè)序的傳染病診斷器械：微生物鑒定及耐藥性和毒力標(biāo)志物的檢測(cè)》,并對(duì)外公開(kāi)征求意見(jiàn)，反饋時(shí)間截至2016年8月11日。

 

　　該指南適用于使用靶向測(cè)序或宏基因組測(cè)序檢測(cè)傳染病病原或耐藥性及毒力標(biāo)志物是否存在的二代基因測(cè)序器械，不適用于旨在篩選血液、細(xì)胞或組織的供體的器械。本文提煉了該指南草案中針對(duì)分析性能評(píng)估部分的要求，供大家探討。

 

　　1. 最低檢測(cè)限

 

　　該指南草案指出，針對(duì)靶向測(cè)序和宏基因組測(cè)序兩種情況下最低檢出限的確定方法是完全不同的。對(duì)于宏基因組測(cè)序，需要視具體情況來(lái)確定評(píng)估方法。對(duì)于靶向測(cè)序，最低檢測(cè)限的確立通常是采用95%(n≥20)的陽(yáng)性檢出率作為最低檢測(cè)限確定的標(biāo)準(zhǔn)，具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參見(jiàn) “Highly Multiplexed Microbiological/Medical Countermeasure In VitroNucleic Acid Based Diagnostic Devices” (http://www.fda.gov/downloads/MedicalDevices/DeviceRegulationandGuidance/GuidanceDocuments/UCM327294.pdf)。

 

　　此外，也可以根據(jù)產(chǎn)品設(shè)計(jì)合理的評(píng)估方案，采用概率分析法來(lái)建立最低檢測(cè)限。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參見(jiàn)“EP17-A2, Evaluation of Detection Capability for Clinical LaboratoryMeasurement Procedures; Approved Guideline; 2012”。

 

　　2. 靈敏度與特異性

 

　　靈敏度與特異性能夠反映出對(duì)不同來(lái)源的樣本，其特異性檢出預(yù)期用途中聲稱(chēng)的所有序列的能力。通常評(píng)價(jià)所用的樣本來(lái)源于預(yù)分析的臨床培養(yǎng)樣本，其濃度應(yīng)位于最低檢測(cè)限附近。如臨床培養(yǎng)樣本難以獲得或者管制微生物，可以考慮使用預(yù)抽提DNA或者構(gòu)建序列作為分析樣本。

 

　　3. 干擾物質(zhì)

 

　　建議根據(jù)試劑盒所采用的樣本類(lèi)型，確定潛在的干擾物質(zhì)。干擾物質(zhì)可能來(lái)自?xún)?nèi)源物質(zhì)(如溶血、黃疸及脂血樣本等)或外源物質(zhì)(如處方藥及非處方藥、抗凝劑等)。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參見(jiàn)CLSI “EP07-A2, Interference Testing in Clinical Chemistry; ApprovedGuideline; 2005”。該指南同時(shí)列出了基于靶向測(cè)序和宏基因組測(cè)序的產(chǎn)品根據(jù)其預(yù)期用途應(yīng)提交的干擾試驗(yàn)清單。

 

　　4. 精密度(可再現(xiàn)性和重復(fù)性)

 

　　應(yīng)進(jìn)行可再現(xiàn)性評(píng)估，來(lái)對(duì)可能影響檢測(cè)重復(fù)性的多個(gè)變量進(jìn)行驗(yàn)證。如選擇不同的實(shí)驗(yàn)室，由不同的操作人員使用不同批號(hào)的試劑，在一段時(shí)間內(nèi)對(duì)同一測(cè)試樣品測(cè)量結(jié)果的精密度評(píng)估。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參考CLSI “EP12-A2, User Protocol for Evaluationof Qualitative Test Performance; Approved Guideline; 2008”。

 

　　同樣地，對(duì)產(chǎn)品應(yīng)進(jìn)行重復(fù)性評(píng)估，以評(píng)價(jià)在一定的檢測(cè)條件下，對(duì)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進(jìn)行多次重復(fù)檢測(cè)后的測(cè)量精密度。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參考CLSI ” EP12-A2, User Protocol for Evaluation of Qualitative TestPerformance; Approved Guideline; 2008 “。

 

　　5. 檢測(cè)系統(tǒng)的攜帶污染和交叉污染

 

　　應(yīng)評(píng)估攜帶污染對(duì)檢測(cè)結(jié)果可能帶來(lái)的影響，包括對(duì)整個(gè)測(cè)試系統(tǒng)的評(píng)估，如核酸的分離純化、文庫(kù)制備、陽(yáng)性樣本(待測(cè)靶核酸呈強(qiáng)陽(yáng)性的濃度)和陰性樣本的交替檢測(cè)。產(chǎn)品的標(biāo)簽上應(yīng)標(biāo)示攜帶污染率相關(guān)信息以提示用戶(hù)。而且，基于攜帶污染率的高低，有些可能還需要在產(chǎn)品的包裝標(biāo)簽上給出其他額外的信息，比如警告、注意事項(xiàng)和清洗說(shuō)明，以指導(dǎo)用戶(hù)如何降低或消除對(duì)試驗(yàn)結(jié)果帶來(lái)的影響。

 

　　6. 穩(wěn)定性

 

　　應(yīng)進(jìn)行產(chǎn)品的效期穩(wěn)定性試驗(yàn)并提供研究方法的確定依據(jù)、具體的實(shí)施方案、詳細(xì)的研究數(shù)據(jù)以及結(jié)論。如適用，應(yīng)提供加速穩(wěn)定性試驗(yàn)方案和研究結(jié)果。應(yīng)對(duì)每項(xiàng)研究給出合理的評(píng)價(jià)指標(biāo)以及確定依據(jù)。

 

　　7. 其它性能試驗(yàn)

 

　　依據(jù)產(chǎn)品的預(yù)期用途、樣本類(lèi)型和試驗(yàn)設(shè)計(jì)，建議進(jìn)行以下研究：

 

　　1)基質(zhì)等同性研究(如適用);

 

　　2)新鮮樣本和冷凍樣本的比較研究;

 

　　3)樣本穩(wěn)定性研究;

 

　　4)交叉感染研究。