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基因組大數據、生物質譜等將為生物醫學帶來新機遇

2015-08-18 作(zuo)者: 瀏覽(lan)數:608

  云計算正在成為(wei)生物醫(yi)學界的(de)(de)“寵(chong)兒”。——8月14日(ri),北京貝瑞(rui)和康生物技術有限公司與阿里云共(gong)同向外界宣布雙方達成合作,共(gong)同打造以海量的(de)(de)中國人群基(ji)因組數據(ju)為(wei)核(he)心的(de)(de)數據(ju)云,實現對個人基(ji)因組數據(ju)的(de)(de)精準解讀(du)。

  此次,雙方共同合作的(de)“神州基(ji)因(yin)組(zu)數(shu)(shu)據云項目”將首先聚焦于基(ji)因(yin)組(zu)大(da)數(shu)(shu)據在云平臺上的(de)批量(liang)計算、分析、存儲(chu),進(jin)而在基(ji)因(yin)大(da)數(shu)(shu)據領域(yu)共同進(jin)行前沿探索。

  “打造基(ji)因(yin)(yin)組大數據,相當于建(jian)立了(le)一個(ge)中國(guo)人(ren)基(ji)因(yin)(yin)版的《本草(cao)綱目》,將(jiang)記載中國(guo)人(ren)群最核心(xin)的基(ji)因(yin)(yin)信息、生命信息,為中國(guo)人(ren)群重大疾病的預測、預防、診(zhen)斷和治療奠定基(ji)礎。它的意(yi)義(yi)將(jiang)不亞于《本草(cao)綱目》這部(bu)東方醫藥巨典。”貝(bei)瑞和康首席生物信息官于福(fu)利(li)博士說。

  中國是世界出(chu)生(sheng)(sheng)缺(que)陷率最(zui)高發(fa)地區之一。每年1600萬(wan)(wan)(wan)至2000萬(wan)(wan)(wan)的(de)出(chu)生(sheng)(sheng)人口中,有80萬(wan)(wan)(wan)至120萬(wan)(wan)(wan)出(chu)生(sheng)(sheng)缺(que)陷兒。1996年到(dao)2010年,中國新生(sheng)(sheng)兒出(chu)生(sheng)(sheng)缺(que)陷發(fa)生(sheng)(sheng)率增幅達70.9%,每一萬(wan)(wan)(wan)名新生(sheng)(sheng)兒中就有149.9人患有先天(tian)性缺(que)陷。

  這一不利(li)的(de)局(ju)面(mian)將隨著“神州(zhou)基因(yin)組數據云”項(xiang)目的(de)實現得到改觀(guan)。據了解,貝瑞和康自(zi)主構(gou)建的(de)中(zhong)國人(ren)群(qun)基因(yin)組大數據庫目前已包含超(chao)過(guo)四十萬份基因(yin)組數據。通過(guo)對該(gai)數據資源的(de)深入挖掘,能夠(gou)進一步揭(jie)示中(zhong)國人(ren)群(qun)遺傳突變(bian)分布,這將極大助(zhu)益(yi)于提升中(zhong)國人(ren)遺傳疾(ji)病診(zhen)斷的(de)效率(lv)和精準程度。

  貝瑞(rui)和康作為國際領先的基因測序技術(shu)臨(lin)床(chuang)轉化服務商,致力于為臨(lin)床(chuang)醫(yi)學疾病篩查和診斷提供“無創式”整體(ti)解決方案(an),是無創DNA產前檢(jian)測和針(zhen)對(dui)腫(zhong)瘤循環DNA的腫(zhong)瘤個(ge)體(ti)化醫(yi)療基因檢(jian)測的行(xing)業領導者。

  基(ji)因(yin)測序是(shi)一(yi)種新(xin)型(xing)基(ji)因(yin)檢測技術,能夠從血液或(huo)唾液中(zhong)分析測定基(ji)因(yin)全序列,預(yu)測罹患多(duo)種罕(han)見疾(ji)病的可能性,如地中(zhong)海(hai)貧血病。

  業(ye)內人士(shi)指出,隨(sui)著(zhu)下一(yi)代基因測序、生(sheng)物(wu)(wu)質(zhi)譜和醫學(xue)(xue)成像等醫學(xue)(xue)技術的(de)迅猛發展,大(da)數(shu)據浪潮為(wei)生(sheng)物(wu)(wu)醫學(xue)(xue)帶來(lai)了(le)前所未有(you)的(de)機遇,將根本性的(de)改變生(sheng)物(wu)(wu)醫學(xue)(xue)基礎研究和醫療實(shi)踐,但同時生(sheng)物(wu)(wu)醫學(xue)(xue)領(ling)域數(shu)據爆炸式的(de)增(zeng)長也對海量(liang)數(shu)據的(de)存儲(chu)和分析(xi)提出新的(de)挑戰。云計算(suan)將大(da)量(liang)計算(suan)資(zi)(zi)源、存儲(chu)資(zi)(zi)源和軟件(jian)資(zi)(zi)源虛擬化,形成規模龐大(da)的(de)共享(xiang)資(zi)(zi)源池,可以有(you)效解決生(sheng)物(wu)(wu)醫學(xue)(xue)對IT資(zi)(zi)源的(de)彈性需求。

  目(mu)前(qian),新一(yi)代基(ji)(ji)(ji)因測(ce)(ce)序技術(shu)要得到(dao)比較準確(que)的(de)(de)(de)信(xin)息,一(yi)般認為30X 的(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因測(ce)(ce)序深度是必須(xu)的(de)(de)(de),所以一(yi)個人的(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因組檢測(ce)(ce)大約需要產生 90Gb 的(de)(de)(de)數據。如此大的(de)(de)(de)數據,在一(yi)般的(de)(de)(de)電(dian)腦或小型服務器上運行起來非常困(kun)難(nan)。

  阿(a)里云是全球(qiu)領先的云計算服(fu)務平(ping)臺(tai)。客戶(hu)通(tong)過阿(a)里云,用互聯網(wang)的方式即可遠(yuan)程獲取海(hai)量計算、存(cun)儲(chu)資源和大數據處理能力。根(gen)據IDC調研報告,阿(a)里云是國內最大的公共云計算服(fu)務提供商。

  此次(ci),阿里(li)云與貝瑞和(he)康達(da)成合作,正是基(ji)于阿里(li)云批量計(ji)算(suan)(suan)服務(wu)的(de)強大(da)能力,利用云計(ji)算(suan)(suan)的(de)優勢降低成本,提(ti)高數據分(fen)析(xi)的(de)速度。

  阿里云批量計(ji)算服務(wu)是一種(zhong)適(shi)用于(yu)大規模并(bing)行(xing)批處理作業的(de)分(fen)布式云服務(wu),適(shi)用于(yu)生(sheng)物基因分(fen)析、渲染、多(duo)媒體轉碼、科(ke)學(xue)計(ji)算、金融保(bao)險分(fen)析等(deng)多(duo)個行(xing)業領(ling)域。

  阿里云高級專家(jia)林河山介紹說(shuo),“借助(zhu)批量(liang)計(ji)算(suan)服務(wu)(wu),用(yong)戶可以(yi)調(diao)動海量(liang)計(ji)算(suan)資源快速完成基因(yin)大(da)數據的處理(li)。批量(liang)計(ji)算(suan)服務(wu)(wu)提供簡單易用(yong)的API,允許(xu)用(yong)戶通過有向(xiang)無環圖(tu)的方(fang)式靈(ling)活組(zu)建工作(zuo)流,計(ji)算(suan)資源管理(li)、作(zuo)業調(diao)度和數據分發由系統自(zi)動完成。同時,批量(liang)計(ji)算(suan)服務(wu)(wu)支持(chi)自(zi)定(ding)義鏡(jing)像,并允許(xu)應用(yong)通過網絡(luo)文件系統(NFS)協議(yi)高效訪問(wen)阿里云對(dui)象存(cun)儲(chu)(OSS)上的數據,使得用(yong)戶原有分析(xi)流程可以(yi)輕松(song)上云。結合阿里云對(dui)象存(cun)儲(chu),批量(liang)計(ji)算(suan)服務(wu)(wu)能夠幫助(zhu)生物信息分析(xi)專家(jia)在云上快速構建大(da)規模基因(yin)組(zu)學應用(yong)。”

  他進一步說,“此次(ci)與貝(bei)瑞和康的合作(zuo),阿里(li)云(yun)將不斷優化(hua)基于基因(yin)組(zu)學的云(yun)解決方案(an),以(yi)契合醫(yi)學時代發展的需求。”

  業內專(zhuan)家預計,雙方合(he)作(zuo)完成(cheng)的基因組數據云將對中(zhong)國臨床醫學的精準(zhun)診斷,預防和治療(liao)的發展產(chan)生(sheng)深遠的推動力。

  無疑,借助阿里云(yun)的批量計算(suan)服務,用戶將更(geng)便捷、更(geng)簡(jian)單、更(geng)迅速完成基因大數據計算(suan),大大降低客戶的成本(ben)。同樣,因為云(yun)計算(suan)的賦能,為研(yan)究人員(yuan)開展大規模的基因組學(xue)研(yan)究大開“方便之(zhi)門”,將催(cui)生(sheng)一批影響(xiang)人類健康相關(guan)的變革性成果。

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